BioBuilder

Synthetic Biology in the Lab
Author: Natalie Kuldell PhD.,Rachel Bernstein,Karen Ingram,Kathryn M Hart
Publisher: "O'Reilly Media, Inc."
ISBN: 1491907533
Category: Science
Page: 238
View: 806

Continue Reading →

Today’s synthetic biologists are in the early stages of engineering living cells to help treat diseases, sense toxic compounds in the environment, and produce valuable drugs. With this manual, you can be part of it. Based on the BioBuilder curriculum, this valuable book provides open-access, modular, hands-on lessons in synthetic biology for secondary and post-secondary classrooms and laboratories. It also serves as an introduction to the field for science and engineering enthusiasts. Developed at MIT in collaboration with award-winning high school teachers, BioBuilder teaches the foundational ideas of the emerging synthetic biology field, as well as key aspects of biological engineering that researchers are exploring in labs throughout the world. These lessons will empower teachers and students to explore and be part of solving persistent real-world challenges. Learn the fundamentals of biodesign and DNA engineering Explore important ethical issues raised by examples of synthetic biology Investigate the BioBuilder labs that probe the design-build-test cycle Test synthetic living systems designed and built by engineers Measure several variants of an enzyme-generating genetic circuit Model "bacterial photography" that changes a strain’s light sensitivity Build living systems to produce purple or green pigment Optimize baker’s yeast to produce ?-carotene

Synthetic Biology

A Lab Manual
Author: Josefine Liljeruhm,Erik Gullberg,Anthony C Forster
Publisher: World Scientific
ISBN: 9814579564
Category: Science
Page: 204
View: 5551

Continue Reading →

Synthetic Biology: A Lab Manual is the first manual for laboratory work in the new and rapidly expanding field of synthetic biology. Aimed at non-specialists, it details protocols central to synthetic biology in both education and research. In addition, it provides all the information that teachers and students from high schools and tertiary institutions need for a colorful lab course in bacterial synthetic biology using chromoproteins and designer antisense RNAs. As a bonus, practical material is provided for students of the annual international Genetically Engineered Machine (iGEM) competition. The manual is based upon a highly successful course at Sweden's Uppsala University and is coauthored by one of the pioneers of synthetic biology and two bioengineering postgraduate students. An inspiring foreword is written by another pioneer in the field, Harvard's George Church: “Synthetic biology is to early recombinant DNA as a genome is to a gene. Is there anything that SynBio will not impact? There was no doubt that the field of SynBio needed ‘A Lab Manual’ such as the one that you now hold in your hands.” Read about the interview with the authors! Contents:Introduction:What is Synthetic Biology, Exactly?The iGEM OutbreakA Synthetic Biology Lab ManualGenes, Chromoproteins and Antisense RNAs:E. coli DNA: Chromosomes, Plasmids and Copy NumberCoupling of Transcription and Translation in BacteriaPromoter and Terminator for TranscriptionRibosome Binding Site (RBS)Codon BiasChromoproteinsSmall Regulatory RNAs (sRNAs)Lab Rooms and Equipment:The Physical Lab SpacesEquipmentSafety is Priority #1:FiresChemicalsBiological Safety and DisposalDangerous EquipmentLab Course Projects:Time and ResourcesProject Overview and Learning ObjectivesThe Lab NotebookLab Section 1. Preparation of Chemical Solutions and Agar PlatesLab Section 2. Coloring Bacteria by Adding a Promoter to a Chromoprotein GeneLab Section 3: Rational Engineering of Chromoprotein Expression LevelLab Section 4. Other ExperimentsThe “Dreaded” ExamProtocols:IntroductionProtocol 1. Preparation of Solutions and Agar PlatesProtocol 2. Overnight Cultures with Antibiotics, and Glycerol StocksProtocol 3. BioBrick™ 3A Assembly and Gel AnalysisProtocol 4. Agarose Gel ElectrophoresisProtocol 5. Preparation of Competent E. coli Cells Using CaCl2Protocol 6. Transformation of CaCl2-Competent E. coli CellsProtocol 7. Bacterial Re-Streaking TechniquesProtocol 8. Lysis of E. coli Cells with LysozymeProtocol 9. Polymerase Chain Reaction (PCR)Protocol 10. Inverse PCR MutagenesisProtocol 11. Colony PCRProtocol 12. Gibson AssemblyAdvanced Methods:Flow Cytometry and Cell SortingRecombination in Plasmids and the ChromosomeElectrocompetent CellsThe International Genetically Engineered Machine (iGEM) Competition:How to Start an iGEM TeamUppsala iGEM 2011 — Show Color with ColorUppsala iGEM 2012 — Resistance is FutileUppsala iGEM 2013 — Lactonutritious — It's DeliciousAppendices Readership: Students and researchers in biotechnology, cell/molecular biology and genetics. Keywords:Synthetic Biology;Genetic Engineering;DNA Cloning;Polymerase Chain Reaction;Molecular Biology;Laboratory;Biobrick;Chromoprotein;Manual;CourseReviews: It provides an introductory workflow for common techniques and would be of definite use to educators wanting to bring synthetic biology into the classroom or for motivated undergraduate students with the desire to start thir own iGEM team.” Synthetic Biology See Full Review

Synthetic Biology, Part A

Methods for Part/Device Characterization and Chassis Engineering
Author: Chris Voigt
Publisher: Academic Press
ISBN: 0123850762
Category: Science
Page: 714
View: 7048

Continue Reading →

Synthetic biology encompasses a variety of different approaches, methodologies and disciplines, and many different definitions exist. This Volume of Methods in Enzymology has been split into 2 Parts and covers topics such as Measuring and Engineering Central Dogma Processes, Mathematical and Computational Methods and Next-Generation DNA Assembly and Manipulation. Encompasses a variety of different approaches, methodologies and disciplines Split into 2 parts and covers topics such as measuring and engineering central dogma processes, mathematical and computational methods and next-generation DNA assembly and manipulation

UnDivided


Author: Neal Shusterman
Publisher: Simon and Schuster
ISBN: 1481409751
Category: Juvenile Fiction
Page: 384
View: 9394

Continue Reading →

Three teens band together in order to sway the government to repeal all rulings in support of a procedure in which unwanted teenagers are captured and unwound into parts that can be used to mass produce rewound teens for military purposes.

Microservices

Konzeption und Design
Author: Sam Newman
Publisher: MITP-Verlags GmbH & Co. KG
ISBN: 3958450830
Category: Computers
Page: 312
View: 9976

Continue Reading →

Feingranulare Systeme mit Microservices aufbauen Design, Entwicklung, Deployment, Testen und Monitoring Sicherheitsaspekte, Authentifizierung und Autorisierung Verteilte Systeme haben sich in den letzten Jahren stark verändert: Große monolithische Architekturen werden zunehmend in viele kleine, eigenständige Microservices aufgespalten. Aber die Entwicklung solcher Systeme bringt Herausforderungen ganz eigener Art mit sich. Dieses Buch richtet sich an Softwareentwickler, die sich über die zielführenden Aspekte von Microservice-Systemen wie Design, Entwicklung, Testen, Deployment und Monitoring informieren möchten. Sam Newman veranschaulicht und konkretisiert seine ganzheitliche Betrachtung der grundlegenden Konzepte von Microservice-Architekturen anhand zahlreicher praktischer Beispiele und Ratschläge. Er geht auf die Themen ein, mit denen sich Systemarchitekten und Administratoren bei der Einrichtung, Verwaltung und Entwicklung dieser Architekturen in jedem Fall auseinandersetzen müssen. Aus dem Inhalt: Vorteile von Microservices Gestaltung von Services Ausrichtung der Systemarchitektur an der Organisationsstruktur Möglichkeiten zur Integration von Services Schrittweise Aufspaltung einer monolithischen Codebasis Deployment einzelner Microservices mittels Continuous Integration Testen und Monitoring verteilter Systeme Sicherheitsaspekte Authentifizierung und Autorisierung zwischen Benutzer und Service bzw. zwischen Services untereinander Skalierung von Microservice-Architekturen »Microservice-Architekturen besitzen viele interessante Eigenschaften, allerdings sind bei der Umstellung so einige Fallstricke zu beachten. Dieses Buch wird Ihnen helfen herauszufinden, ob Microservices für Ihre Zwecke geeignet sind und zeigt Ihnen, wie Sie die Fallstricke umgehen können.« Martin Fowler, Chief Scientist, ThoughtWorks

Entschlüsselt

mein Genom, mein Leben
Author: J. Craig Venter
Publisher: N.A
ISBN: 9783100870308
Category:
Page: 569
View: 3263

Continue Reading →

Genome Refactoring


Author: Natalie Kuldell,Neal Lerner
Publisher: Morgan & Claypool Publishers
ISBN: 1598299484
Category: Technology & Engineering
Page: 66
View: 8405

Continue Reading →

The science of biology celebrates the discovery and understanding of biological systems that already exist in nature. In parallel, the engineering of biology must learn how to make use of our understanding of the natural world to design and build new useful biological systems. "Synthetic biology" represents one example of recent work to engineer biological systems. This emerging field aims to replace the ad hoc process of assembling biological systems by primarily developing tools to assemble reliable-but-complex living organisms from standard components that can later be reused in new combination. The focus of this book is "genome refactoring," one of several approaches to manage the complexity of a biological system in which the goal is to redesign the genetic elements that encode a living form--preserving the function of that form but encoding it with a genome far easier to study and extend. This book presents genome refactoring in two ways: as an important aspect of the emerging field of synthetic biology and as a powerful teaching tool to train would be professionals in the subject. Chapters focus on the overarching goals of synthetic biology and their alignment with the motivations and achievements in genome engineering; the engineering frameworks of refactoring, including genome synthesis, standardization of biological parts, and abstraction; a detailed description of the bacteriophages that have been refactored up to this point; and the methods of refactoring and contexts for that work drawn from the bacteriophage M13. Overall, these examples offer readers the potential for synthetic biology and the areas in need of further research. If successful, synthetic biology and genome refactoring could address any number of persistent societal needs, including sustainable energy, affordable and effective medicine, and green manufacturing practices. Table of Contents: Tools for Genome Engineering and Synthetic Biology / Bacteriophage as Templates for Refactoring / Methods/Teaching Protocols for M13 Reengineering / Writing and Speaking as Biological Engineers / Summary and Future Directions / Appendix A / Appendix B / Appendix C

Biohacking

Gentechnik aus der Garage
Author: Hanno Charisius,Richard Friebe,Sascha Karberg
Publisher: Carl Hanser Verlag GmbH Co KG
ISBN: 3446435549
Category: Science
Page: 288
View: 9537

Continue Reading →

Bislang war Genforschung Profiwissenschaftlern vorbehalten. Diese Zeiten sind vorbei, meinen die Wissenschaftsjournalisten Hanno Charisius, Richard Friebe und Sascha Karberg. Sie bauten mit einem Mini-Budget ein eigenes Labor auf, analysierten ihre Erbanlagen und hantierten sogar mit potenziell gefährlichen Genen. Mit ihrem zweijährigen Selbstversuch stiegen sie ein in die Welt der »Biohacker« und trafen die Pioniere dieser neuen Amateurforschungs-Bewegung, die sich in Underground-Labors an Krebsforschung versuchen. Wer sind diese Hacker des Lebens-Codes? Welche Chancen und Gefahren birgt die neue Makers-Bewegung der Biotechnologie? Und wie sollten Politik und Gesellschaft auf sie reagieren?

Die Chaos Queen

Ein Stephanie-Plum-Roman 11
Author: Janet Evanovich
Publisher: Manhattan
ISBN: 3641114276
Category: Fiction
Page: 320
View: 3120

Continue Reading →

Stephanie Plum hat ihren Job als Kopfgeldjägerin gründlich satt: Sollen doch andere auf sich schießen lassen. Doch leider muss sie feststellen, dass Chaos und explodierende Autos zu ihr gehören wie die Butter aufs Brot, was ihre Jobwahl stark einschränkt. Warum also sollte sie nicht gleich beim Sicherheitsdienst des so attraktiven wie mysteriösen Ranger anheuern? Doch nicht nur ihre prekäre finanzielle Lage treibt Stephanie in Rangers Arme: Eine der übelsten Gestalten aus ihrer Vergangenheit ist zurück und hat nur ein Ziel – Stephanies Leben zu beenden ...

Kompendium Systembiologie

Mathematische Modellierung und Modellanalyse
Author: Andreas Kremling
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 3834886076
Category: Science
Page: 300
View: 8318

Continue Reading →

Das Buch beschreibt die Grundlagen der mathematischen Modellierung zellulärer Systeme. Nach einer Klassifikation von Modellen wird schwerpunktmäßig auf deterministische Modelle eingegangen und für alle relevanten zellulären Prozesse entsprechende Gleichungen angegeben. Anschließend werden eine Reihe von Verfahren zur Modellanalyse vorgestellt. Etwas kürzer werden Verfahren zum Reverse Engineering und zur Analyse von Netzwerkgraphen abgehandelt. Am Ende werden noch Verfahren der Parameteridentifikation besprochen.

Trogdon

William One and his seed
Author: Beulah Grace Costello
Publisher: N.A
ISBN: N.A
Category: Reference
Page: 897
View: 3933

Continue Reading →

C in a Nutshell


Author: Peter Prinz,Tony Crawford
Publisher: O'Reilly Germany
ISBN: 9783897213449
Category: C (Computer program language)
Page: 602
View: 7170

Continue Reading →

PHP kurz & gut


Author: Sebastian Bergmann,Rasmus Lerdorf
Publisher: O'Reilly Germany
ISBN: 3868997180
Category: Computers
Page: 208
View: 7944

Continue Reading →

PHP - kurz & gut, der nützliche Klassiker im praktischen Taschenbuchformat, deckt in der dritten Auflage jetzt PHP 5 ab. Für die Neuauflage wurde die von Rasmus Lerdorf geschriebene Referenz von den PHP-Experten Garvin Hicking und Sebastian Bergmann überarbeitet, aktualisiert und noch einmal deutlich erweitert. Das Buch enthält eine knappe Einführung in Syntax und Struktur von PHP sowie eine Schnellreferenz für die gebräuchlichsten Funktionen von PHP 5. Im Referenzteil sind die PHP-Funktionen thematisch angeordnet und zusätzlich mit einem alphabetischen Index versehen worden, so dass Sie jetzt noch effektiver mit dem Bändchen arbeiten können. Kompakt, übersichtlich und auf den Punkt gebracht: PHP - kurz & gut bietet auch in der dritten Auflage den komprimierten Überblick über die beliebte Skriptsprache, den Sie von einem Band aus O'Reillys Taschenbibliothek erwarten.

Biological Database Modeling


Author: Jake Chen,Amandeep S. Sidhu
Publisher: Artech House Publishers
ISBN: N.A
Category: Computers
Page: 224
View: 7583

Continue Reading →

This collection of next-generation biodata modeling techniques combines innovative concepts, methods, and applications with case studies in genome, microarray, proteomics, and drug discovery projects to help bioinformatics professionals develop ever-more powerful data management systems in any domain.